もっさり計算

最近全然使っていなかったノーパソ(Fedora5)で、分子運動のプログラムを走らせてみた。何か動きがもっさりしているが、一応動いている模様。このプログラム系では、分子の移動よりもポテンシャル計算の処理が重さの原因の大半を占めるわけだが、これ以上重い挙動をするコードを書くと、このマシンではキツそうだなあ。
例えば100個の粒子の相関関係を見るために、結合が出来ていれば1、そうでなければ0の値を入れておくような100×100の配列を用意して、一々判定の度にその配列行列を呼び出して配列全体の値を評価する…なんてのはやらないほうがベターだろうなあ。本計算は研究室の専用マシンを使うわけだから、この程度の処理は別にどうでもいいような気がしないでもないが。